Natura 2000 est une politique publique de préservation de la biodiversité que l'Etat via les Préfetures pilote en lien avec les acteurs locaux des sites qu'il désigne.
Le Comité de Pilotage ou COPIL est l'organe central du processus de concertation et de décision d'un site Natura 2000. Sa composition est définie par arrêté préféctoral et regroupe les acteurs du territoire des catégories suivantes : les collectivités territoriales et leurs groupements, les propriétaires et usagers, les représentants d'associations de protection de la nature, les organismes scientifiques et les représentants des services de l'Etat. Le COPIL Natura 2000 Rivière Ellé est composé de 64 membres.
Le COPIL valide le Document d'objectifs = DOCOB du site Natura 2000 et désigne en son sien un·e Président·e ainsi qu'une structure opératrice en charge de l'animation du site Natura 2000 pour le compte de l'Etat.
L'opérateur local est le maître d'oeuvre du site Natura 2000. Il est en charge des aspects financiers, administratifs et techniques de l'animation d'un site Natura 2000.