Les habitats naturels sont définis par un ensemble de végétation homogène adapté à des conditions écologiques données: type de sol, de sous sol, climat, relief... Une forêt de chêne pédonculé, une prairie à jonc, une rosselières sot des exemples d'habitats naturels.
Parmi la multitude d'habitats naturels présents en Europe, la Directive Habitat Flaune Flore a retenu en annexe 1 la liste des habitats qui sont à préserver via les sites Natura 2000. c'est ce qu'on appelle les habitats d'intérêt communautaire.
Le site Natura 2000 Rivière Ellé comporte 10 habitats d'intérêt communautaire. Ils sont décrits ci-dessous.
| Code habitat | Nom habitat d'intérêt communautaire | Fiche descriptive du DOCOB |
| 3110 | Eaux oligotrophes très peu minéralisées des plaines sablonneuses (Littorelletalia uniflorae) | Fiche habitat 3110 |
| 3260 | Rivières des étages planitiaire à montagnard avec végétation du Ranunculion fluitantis et Callitricho-batrachion | Fiche habitat 3260 |
| 4020* | Landes humides atlantiques méridionales à Erica ciliaris et Erica tetralix - Habitat prioritaire | Fiche habitat 4020 |
| 4030 | Landes sèches européennes | Fiche habitat 4030 |
| 6410 | Prairies à Molinie sur sols calcaires, tourbeux ou argilo-limoneux (Molinion caeruleae) | Fiche habitat 6410 |
| 6430 | Mégaphorbiaies hydrophiles d’ourlets planitiaires et des étages montagnard à alpin | Fiche habitat 6430 |
| 7110* | Tourbières hautes actives - habitat prioritaire | Fiche habitat 7110 |
| 7140 | Tourbières de transition et tremblantes | Fiche habitat 7140 |
| 91D0* | Tourbières boisées - Habitat prioritaire | Fiche habitat 91D0 |
| 9120 | Hêtraies acidophiles atlantiques à sous-bois à Ilex et parfois à Taxus | Fiche habitat 9120 |