Le site Natura 2000 Rivière Ellé est un ensemble fluvial de très grande qualité caractérisé par des groupements à renoncules (annexe 1) et accueillant une importante population reproductive de Saumons atlantiques (annexe 2) ainsi qu'une population sédentaire et reproductrice de Loutre d'Europe (annexe 2) sur l'ensemble du bassin versant en amont de Quimperlé. La Mulette perlière (annexe 2) est présente sur l'Ellé et au moins sur 2 de ses affluents, l'Aër et le Naïc.
Les bas-marais des têtes de bassin-versant, en particulier les marais de Plouray, sont remarquables par leur étendue, la diversité phytocénotique et la composition du cortège floristique et faunistique associés: bas-marais, landes mésophiles (annexe 1) et landes humides tourbeuses à Sphaignes (habitat prioritaire), notamment avec plusieurs stations de Sphaigne de la Pylaie, espèce présente uniquement en Bretagne et en Espagne (Galice et Asturies) pour l'Europe.
L'étang de Priziac, zone humide complexe, accueille en particulier une des rares stations françaises de Lobélie de Dortmann (espèce végétale protégée au niveau national), inféodée aux étangs oligotrophes à eaux claires (annexe 1) à fond sableux se découvrant à l'étiage et à ce titre indicatrice de la qualité du milieu.